La historia de la Iglesia de la Pasión comienza en el siglo XVI, en un momento en el que Valladolid vive una intensa expansión religiosa y cofrade. El edificio nace vinculado a la Cofradía de la Pasión, una de las hermandades penitenciales más antiguas y relevantes de la ciudad, fundada con una fuerte dimensión asistencial y devocional.
Durante los siglos XVI y XVII, la cofradía desempeñó un papel fundamental en la vida social de Valladolid, no solo organizando actos religiosos, sino también prestando ayuda a enfermos, pobres y condenados, una función habitual en muchas hermandades castellanas de la época. Este contexto explica la importancia que adquirió la iglesia como centro espiritual y organizativo.
Con el auge de la Semana Santa vallisoletana, el templo se consolidó como uno de los espacios más representativos de la religiosidad barroca de la ciudad. Desde aquí partieron durante siglos algunas de las procesiones más emblemáticas, contribuyendo a construir la identidad penitencial que hoy caracteriza a Valladolid.
En etapas posteriores, el edificio experimentó cambios de uso, restauraciones y procesos de recuperación patrimonial. Su conservación ha permitido que siga formando parte activa del paisaje histórico de la ciudad, manteniendo viva la memoria de las antiguas cofradías penitenciales.