La historia de la Iglesia de Jesús Nazareno está estrechamente ligada al desarrollo de las cofradías penitenciales en Valladolid, especialmente a partir del fortalecimiento de la religiosidad barroca en la ciudad. Su origen se asocia a la necesidad de contar con un espacio propio para la veneración de Jesús Nazareno, una de las advocaciones más extendidas en la espiritualidad castellana.
Durante siglos, las hermandades vinculadas a esta devoción fueron consolidando su presencia en el entramado urbano vallisoletano, buscando un lugar estable donde organizar sus cultos, conservar sus imágenes y preparar las celebraciones de Semana Santa. Este proceso no fue lineal: estuvo marcado por reorganizaciones internas de las cofradías, cambios de sedes y adaptaciones a las distintas transformaciones urbanas de la ciudad.
A lo largo del tiempo, el templo ha mantenido su función como espacio devocional más que como gran proyecto monumental. Su valor histórico radica precisamente en esa continuidad de uso, en su capacidad para mantenerse como punto de encuentro de generaciones de cofrades y fieles. En el contexto de Valladolid, ciudad con una de las tradiciones procesionales más relevantes de España, este tipo de espacios adquiere una importancia que trasciende lo arquitectónico.
En épocas más recientes, la iglesia ha reforzado su papel como centro logístico y espiritual durante la Semana Santa, especialmente en los días previos a las procesiones. Las imágenes titulares, los preparativos y los actos internos de la cofradía han consolidado su función como núcleo vivo de la tradición religiosa local.